Secara ekologi area perlindungan privat PT PJB UP Paiton berada pada ekosistem dataran rendah di wilayah pesisir (baca; pantai) dan ekosistem mangrove. Berdasarkan UU No. 1 tahun 2014 tentang Perubahan UU No. 27 tahun 2007 tentang pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulaupulau Kecil, wilayah pesisir merupakan daerah peralihan antara ekosistem darat dan ekosistem laut. Menurut proses pembentukannya area perlindungan privat PT PJB UP Paiton terbagi kedalam 2 tipe ekosistem, yakni ekosistem buatan atau artifisial (Kantor & Pembangkit, Paiton Resort Hotel, Benduman, Kelontong, Perumahan), dan ekosistem alami (Pantai Bohay, Eks-Toyo, Ash Disposal, Trumix, Ekosistem Bawah Laut). Dinamika yang terjadi di area perlindungan privat PT PJB UP Paiton saat ini, telah menggambarkan keberhasilan dari upaya membangun hubungan yang baik antara manusia sebagai pelaku, pembangkit listrik sebagai pusat kegiatan, dan lingkungan sekitar. Hal ini ditunjukkan dengan beragam flora dan fauna sebagai subyek yang terkena dampak. Hasil dari bertemunya seluruh aspek tersebut yaitu aktivitas berjalan normal dan bersinergi dengan alam. Flora dan fauna dengan ekosistemnya yang tampak bergairah baik di darat maupun di laut serta kehidupan manusia yang berada di sekitar wilayah operasi, menegaskan bahwa kehadiran PT PJB UP Paiton jauh dari kesan merusak, bahkan justru merupakan bagian yang integral dari ekosistem yang saling membutuhkan.